Los territorios transformados, contienen importantes elementos de la biodiversidad que suministran servicios ecosistemicos, que deben mantenerse ya que hacen parte de la de procesos ecológicos que sustentan la integridad ecológica y el bienestar humano. Por esta razón, la información generada por el Instituto SINCHI sobre la biodiversidad amazónica y su dinámica, el aprovechamiento de los recursos y las diferentes formas de ocupación y uso de la tierra, permiten analizar de manera integrada los procesos de transformación del territorio.

De esta manera el Instituto en conjunto con sus aliados y socios en la región, buscan posibles soluciones, con el fin de priorizar y recomendar acciones para la gobernanza y gestión de la conservación del patrimonio natural y desarrollo sostenible de la región. Es necesario seguir avanzando en la generación de conocimiento para que sea usado    por los tomadores de decisiones para re-orientar, mantener o mejorar el manejo de los recursos naturales que la Amazonia colombiana brinda.

A través de sus Programas de Investigación: Ecosistemas y Recursos Naturales, Sostenibilidad e Intervención, Dinámicas socioambientales y Culturales, Modelos de Funcionamiento y Gestión Compartida, el Instituto SINCHI presenta una serie de acciones llevadas a cabo en la región que aportan a la solución de problemas, al apoyo de la formulación de políticas y la toma de decisiones, que buscan proteger aspectos importantes de la biodiversidad.