El conocimiento de la flora de la región amazónica, en sentido amplio incluye la transición andino amazónica, ha pasado de registrar 2200 especies en 1993, a 9477 en la actualidad, las cuales están agrupadas en 2.183 géneros y 339 familias distribuidas en gran parte de la región amazónica (Figura 3). En plantas vasculares se registran 8.632 especies agrupadas en 1.785 géneros y 235 familias botánicas y en plantas no vasculares se registran 845 especies y 301 géneros agrupados en 91 familias.

La colección general del Herbario Amazónico Colombiano COAH alberga cerca de 120.000 ejemplares botánicos debidamente catalogados, georreferenciados, digitalizados e identificados taxonómicamente; a los cuales se tiene acceso a través de la página web del Instituto SINCHI que a su vez, alimenta registros nacionales (SiB Colombia) e internacionales (GBIF, GloNAF).

En cuanto al conocimiento de la flora por departamentos se destaca el Amazonas con 4.071 especies de plantas, Caquetá con 3.687, Vaupés con 2.535; mientras que, departamentos como Cauca y Nariño el conocimiento es relativamente bajo (Tabla 2), en buena medida por la baja representatividad en área dentro de la Amazonia colombiana y por problemas de orden público que imposibilitan los inventaros en áreas estratégicas.