Este proceso se ha consolidado con el trabajo colaborativo entre Parques Nacionales Naturales y el Instituto SINCHI, quien lo coordina. Previamente, se diseñó una metodología para realizar el monitoreo a los ecosistemas de la Amazonia colombiana (acuáticos y terrestres), principalmente el cambio en sus condiciones de naturalidad; y se han generado cuatro mapas a escala 1:100.000, para los años 2012, 2014, 2016 y 2018, con sus respectivos cambios multitemporales.

Para el año 2018 se identificaron 1.070 clases de unidades ecosistémicas (Figura 34), clasificadas en dos tipos, acuáticos 418 clases que cubren una superficie de 83.312,3 km² (17,22% de la Amazonia) y terrestres 652 clases con superficie de 399.851,7 km² (82,74% de la Amazonia).

En términos generales, el 87,93% de la región mantiene ecosistemas naturales. Bajo esta condición se cartografiaron 416 clases que cubren una superficie de 424.916,4 km²; de igual manera se clasificaron 235 ecosistemas en condición de seminaturales que cubren 20.841,0 km² (4.3%), y finalmente se clasificaron 419 ecosistemas transformados que tienen una superficie de 37.406 km² (7,7%). La subdivisión de clases acuáticas y terrestres por la condición de las coberturas se presenta en la Tabla 14.

El panorama de cambio en el periodo 2016-2018 se presenta con la variación neta (Tabla 15). Se mantuvieron como ecosistemas naturales estables 422.981,1 km² (87,5%), se presentó una transformación de los ecosistemas naturales a transformados de 4.103,9 km² (0,4%) y se detectó que 713,0 km² (0,2%) pasaron de naturales a seminaturales, en un proceso de desnaturalización total.