Según los criterios de categorización de especies amenazadas de la UICN (2012) en la región Amazónica sé tienen documentadas 106 especies con algún grado de amenaza de las 819 especies oficialmente consideradas bajo amenaza en Colombia (Resolución 1912 de 2017). Es así que en la Amazonia colombiana se encuentran 6 especies en la categoría de Peligro Crítico (CR), 32 En Peligro (EN) y 68 Vulnerable (VU). Se destacan las familias Bromeliaceae con 36 especies, Orchidaceae con 18 y Chrysobalanaceae con 11; aunque también especies maderables como el Cedro (Cedrela odorata) y el Palorosa (Aniba rosaeodora).

Es importante resaltar la baja representatividad de registros biológicos de especies amenazadas al interior del Sistema de Áreas Protegidas de la región (Figura 4), lo cual evidencia la necesidad de avanzar en inventarios de la biodiversidad al interior de las áreas protegidas para apoyar la toma de decisiones informadas acerca de su manejo sostenible.